Починають з цілей нижнього рівня, рухаючись до генеральної мети. Тут важливо суворо дотримуватися логіку забезпечення досяжності кожної мети, бо невиконання хоча б однієї з них різко знизить ефективність всієї програми.

Структуризація програми. Вихідним "цеглинкою" кожної програми є проект. На основі аналізу системи заходів формується набір проектів, що становлять тканину програми. Вони потім об'єднуються в блоки та підпрограми. У кожному з ланок структури програми має бути доступне для огляду число елементів, щоб забезпечити керованість. Проекти розподіляються в часі, узгоджуються між собою.

Оцінка витрат та ефективності проектів, підпрограм, програми в цілому - вирішальний етап. По кожному проекту оцінюються необхідні витрати на розробку, інвестиції та ін. Проводиться попередня оцінка обсягів випуску і продажу продукції, цін, ефективності та окупності (якщо мова йде про комерційний проект). Отримані дані підсумовуються по блоках проектів, підпрограм і програми в цілому. При цьому можуть виявлятися неефективні, збиткові проекти та їхні блоки. Приймаються рішення про підвищення їх ефективності або про вилучення. Можливо їх збереження, якщо збиток перекривається додатковим доходом від реалізації суміжних проектів. У підсумку цього етапу уточнюється структура програми, а в окремих випадках може бути прийняте рішення про припинення роботи над нею, якщо вона виявиться збитковою, неефективною. Визначаються джерела фінансування програми.

Створення цільових структур. Перед тим, як представити програму на затвердження, потрібно визначити, хто буде по ній державним замовником, основним виконавцем і співвиконавцями. Важливо далі створити цільові структури для виконання окремих проектів, підпрограм, програми в цілому, сформувати нормативну базу, навчити персонал. Можна покласти проведення цих робіт на існуючі структури. Однак досвід показує, що більш ефективно їх виконують цільові, новостворені організації.