Якщо залишити осторонь програми, що розробляються підприємствами, холдингами, корпораціями і т.п., то така система включає програми з чотирьох рівнях управління. По-перше, це цільові програми, повністю або частково фінансуються за рахунок федерального бюджету. Перелік таких програм складається Урядом Російської Федерації, далі він розглядається і затверджується Державною Думою в якості одного з додатків до федерального бюджету на черговий рік. Публікація цих програм у відкритій пресі обов'язкове. По-друге, регіональні цільові програми. Вони розробляються виконавчими органами суб'єктів Федерації, розглядаються і затверджуються їх законодавчими органами. По-третє, муніципальні цільові програми. Вони формуються виконавчими та представницькими органами великих муніципальних утворень (наприклад, міст-центрів суб'єктів Федерації). По-четверте, міждержавні програми. Їх приймають і виконують держави - члени СНД, а також інші зацікавлені держави.

За призначенням цільові програми можна поділити на такі категорії: По термінах дії можна виділити довгострокові програми (на 10 і більше років) і середньострокові (на 3-6 років). На короткостроковий період розробляти і затверджувати цільові програми немає сенсу.

Технологія розробки та реалізації програм. Узагальнюючи накопичений досвід, можна визначити наступні технологічні етапи розробки цільових програм федерального рівня.

Вибір об'єкта програми. Вихідним пунктом розробки цільової програми є вибір її об'єкта, чого зазвичай приділяється недостатня увага. По-перше, це повинна бути вузлова точка у розвитку тієї чи іншої системи або підсистеми, що забезпечує стратегічний прорив, рішення великої народногосподарської проблеми. По-друге, поле програми має бути досить вузьким, щоб сконцентрувати на ньому ресурси, які можуть забезпечити в задані терміни перелом траєкторії розвитку. По-третє, це поле повинно бути достатньо широким, щоб потім розширити фронт прориву звичайними ринковими методами і забезпечити істотне поліпшення ситуації в обраному стратегічному напрямку.

Побудова "дерева цілей". Перш за все слід визначити генеральну мету програми, висловивши її чітко, однозначно і кількісно вимірно, щоб по ходу виконання програми і після її закінчення можна було виміряти ступінь її виконання. Потім визначається система цілей першого рівня, без якої не може бути досягнута генеральна мета. Далі йдуть цілі другого рівня по кожній з цілей першого рівня і т.д. У підсумку виходить зелене "дерево цілей", стовбур якого - генеральна мета. По суті справи, на цьому етапі виробляється логіка критеріїв реалізації програми. До цієї роботи потрібно залучити вчених і фахівців різного профілю - системника, технологів, маркетологів, гуманітаріїв і т.д.

Побудова системи заходів, що забезпечують досягнення поставлених цілей, йде у зворотному порядку.